Nos termos do art.º 6º do Decreto-Lei n.º 62/2018, de 12 de Dezembro, o Instituto de Prevenção e Investigação de Acidentes Aeronáuticos e Marítimos tem como órgãos, o Concelho Diretivo, o Fiscal Único e o Conselho Consultivo.
O Instituto é composto por mais 4 (quatro) Núcleos, o Núcleo de Segurança Aeronáutica, Núcleo de Segurança Marítima, Núcleo Recursos Humanos, financeiros, e Assessoria Jurídica e pelo Núcleo de Comunicação e Cooperação Institucional.
O IPIAAM também contemplará duas comissões de investigações constituídas de forma ad hoc, com a missão de colaborar nas investigações para que sejam nomeadas.